英王亨利八世脫離教皇獨立，組織國立教會。稍後有人脫離英國教會，組織獨立教會。史稱這些信徒為清教徒。英國教會求政治獨立。清教徒求變更教會體制，廢除教會遺傳而獨立。國立教會是專制教會；獨立教會是民主教會。

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英女王馬利反其父亨利之道而行，把英國帶回天主教，殺戮背教者。聖職人員大量逃亡海外，有更多機會接觸宗教改革的思維。伊利莎伯即位，恢復國立教會，逃亡人士陸續回國。他們深感國教改革不足，起而組織獨立教會。宣教師白朗 (Robert Browne) 於1580年在英國建立第一間獨立教會。受到政府取締後，他逃亡至荷蘭，專心著述，奠定了公理會 (Congregatioinalists) 的基礎。

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另一批獨立派信徒於1607年逃至荷蘭。其中一人名叫史密夫 (John Smyth)。他是浸信會的始創者。

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一群居留荷蘭十多年的清教徒，於 1620 年揚帆出海，至美洲建立新英倫。這批人有朝聖者之父 (Pilgrim Fathers) 之稱。

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清教徒派系不一，信條不一。教義有取材於人，有源出於己。

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論評

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清教徒以淨化教會得名。他們要廢除國立教會所保留的天主教體制，教會禮儀和教會遺傳。教會史不見提及清教徒在真理上有甚建樹。他們但求教會淨化，自由民主；在形式更新上面下了不少功夫。

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當羅馬教會、英國教會、抗羅宗、加爾文派、清教徒各派系共存的時候，戰事不斷發生。原因不是宗教分爭，而是政治角力。其中情節，錯縱複雜，出人意表。若將每宗派看作政黨，這段歷史較易明白。

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亨利八世廢天主教而立國教。名義變而教義不變。女王馬利復天主教，殺國教重臣。教皇憂慮王位繼承人伊利莎伯反對天主教，亟謀將她殺害。天主教國西班牙不允，恐怕歐洲勢力傾向英、法、蘇格蘭。身為法國王后的蘇格蘭女王馬利又是伊利莎伯的繼承人。伊利莎伯在世，尚可作為緩衝。

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伊利莎伯即位，逐天主教，復立國教，以謀篡罪殺蘇格蘭女王馬利。教皇號召西班牙討伐。西班牙派遣「無敵艦隊」進攻英國。竟為實力不如的英國海軍所敗，潰不成軍。伊利莎伯終身未婚。死後，英國迎立蘇格蘭王詹姆士六世入繼大統。他就是被殺蘇格蘭女王馬利之子。併入蘇格蘭後，國號改稱大英聯合王國。

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伊利莎伯不容許清教徒反抗國教，反對朝廷。嚴厲整肅迫使他們逃亡。淨化教會運動者不滿教會專制及形式化。例如公理會要平民化制度代替官僚化的主教制度。浸信會以信而受洗代替嬰洗。當然，信而受洗不能少。然而任何形式，如何演繹的水禮，都不能代替神的救法。淨化教會運動不外以制度改變制度，以形式改變形式。有些執政的清教徒甚至把慶祝聖誕列為非法。這些措施，對於福音傳播，教會造就，都沒有益處，反而招致叛逆之名。伊利莎伯死後，反建制的宗教運動更激烈。英王被弒，國改共和。